La subordinación es un proceso mediante el cual se construyen oraciones complejas. Estas oraciones están constituidas por oraciones simples, siendo una de ellas la principal o independiente y la otra la subordinada. Por ejemplo:

 La oración noqat mayupi chimpas gustaan   ‘me gusta meterme en el río'   es la oración principal o independiente.  En cambio,  rupaptin   ‘cuando hace calor' es la secundaria o subordinada porque depende de la principal.

 Todas las oraciones subordinadas se construyen mediante nominalizaciones; por esta razón, siempre que estén presentes las referencias personales, éstas serán a través de los sufijos de posesión y no mediante los de actor verbal. La excepción la constituye la 3ª persona del plural que se construye mediante la marca _n  y el plural _kuna .
 El quichua santiagueño emplea dos sufijos para marcar el caracter subordinado de un verbo en relación a otro principal. Estos sufijos son:  _pti   y  _spa   y sirven para construir oraciones subordinadas adverbiales. Es decir, las oraciones dependientes construidas mediante estos sufijos hacen el mismo papel, en relación a la oración principal, que un adverbio en relación al verbo de una oración simple.  La subordinación mediante estos sufijos expresa una relación causal (porque), temporal (cuando), condicional (si) o una acción simultánea (mientras).

 Sus características generales son:
a) El subordinador _spa  se emplea cuando el sujeto del verbo subordinado es el mismo que el del verbo principal, en cambio   _pti   puede usarse indistintamente cuando  los dos sujetos de la oración compleja son idénticos o cuando son diferentes.
b) Mientras  _pti  exige la marca de referencia personal, el subordinador _spa  no la necesita puesto que sería redundante por la identidad de sujeto.
c)  Generalmente establecen una referencia temporal en la cual el tiempo expresado por el verbo subordinado es  anterior al del verbo principal, pero también aluden a una acción simultánea o ligeramente previa. La simultaneidad de los eventos expresados puede recibir énfasis por medio de un  sufijo de aspecto, el durativo _chka.
d) El quichua santiagueño presenta la particularidad de que las subordinadas condicionales se forman agregando el topicalizador _qa. La supresión de este marcador origina palabras acentuadas en la última sílaba. Cabe señalar que la presencia del marcador de tópico no implica necesariamente una condición.

 El subordinador  _spa  puede ser traducido como un gerundio  mikuspa ‘comiendo' y también por ‘luego, después de',’cuando'. El subordinador _pti   puede ser traducido como ‘cuando' o ‘porque'.
 

 En estas oraciones  tiyanku, rinku, amuni  y risaq   son las oraciones principales y puñus, chaymanta atarís, pichaptiy,  Manuel enkargaaptin   y waqaptiykeqa   las subordinadas, que cumplen el papel de modificar el significado de los verbos de las oraciones principales respectivas.
 A estas estructuras que forman parte de un complejo mayor se las llama cláusulas: cláusula independiente y cláusula subordinada.

CARACTERISTICAS DEL SUBORDINADOR  _pti
a)  LLeva obligadamente marca de persona. Admite los sufijos de persona objeto _a   y  _su .
b)  Admite que los actores en ambas cláusulas (principal y subordinada) sean iguales o diferentes.
c)  En general marca un tiempo anterior al del verbo principal pero también puede aludir a una acción simultánea.
d) Puede combinarse con sufijos de aspecto, direccionales y verbalizadores.
e)  La negación se hace anteponiendo mana  a la subordinada sin el sufijo negativo _chu.
f)  Para expresar una condición suele agregarse el marcador de tópico   _qa.  La supresión de este marcador provoca la acentuación aguda de la palabra a la cual estaba sufijado:  kaptiykiqa  > kaptiyké .
g)  Se traduce por ‘como', ‘porque', ‘si'.

4-3-2 CARACTERISTICAS DEL SUBORDINADOR  _spa
a)  No lleva marca de persona. Admite los sufijos de persona objeto  _a  y  _su.
b)  Los sujetos de ambas cláusulas (principal y subordinada) son idénticos.
c)  En general marca un tiempo ligeramente previo o simultáneo al del verbo principal.
d)  Puede combinarse con sufijos de aspecto, direccionales y verbalizadores.
e)  La negación sigue las mismas reglas que _pti.
f)  Para expresar una condición suele agregarse el marcador de tópico    _qa.  La supresión de este marcador provoca la acentuación aguda de la palabra a la cual estaba sufijado:   mikuspaqa  > mikuspá .
g)  Se traduce por un gerundio y también por ‘cuando', ‘luego, después de', ‘si'.
h)  Este subordinador alterna entre la forma  _spa  y la forma apocopada  _s :  mikuspa  > mikús. La acentuación aguda es para indicar el accidente.

4-3-3 ORACIONES CON  _pti  (CUANDO O PORQUE)

tuta wasiyp chayaptiy, tukuy  basos mapas tiyaranku
cuando llegué a casa anoche, todos los vasos estaban sucios

kunan punchaw ñan cheqallata amuych mana yaku tiyaptin
hoy hemos venido por el camino derecho nomás
porque no hay agua

asiptiyki qaasuyta gustaan                me gusta mirarte cuando sonríes

machu kaptiy, agweloyina kasaq
cuando sea grande seré como mi abuelo

imata niykiman, chá tiyakuna rantispa qosupteyqa
¿qué dirías si comprase esa silla y te la diera?

noqaan amunaaptiyké, mes amoqkama suyasuyta atini
si quieres venir conmigo, puedo esperarte hasta el mes que viene

qaayta atipteyqa, nipuyman aykat munasqayta
si la viera le diría cuánto la quiero

paypas munaaptenqa, qayalla payan  kasarakuyman
si me quisiera, me casaría con ella de inmediato

tantat rantikuanaaptiyké, utulat rantisusaq
si quieres venderme pan, te compraré un poco

munaptiyké, nipusaq wasiyman amuptin
si quieres, le diré cuando venga a casa

noqaan amuptiyké payqa nianchisman
si vinieses conmigo, ella nos diría

puñuptiykeqa noqapas sirikusaq
cuando te duermas me acostaré

puñuptiykeqa suk regaluta qoasqayki
si te duermes te daré un regalo

waqaptiykeqa  risaq       si lloras me iré

tatay onqos tiyan                          mi padre está enfermo

noqayku suyasus tiyarayku           te estuvimos esperando

paranaas tiyan                             está queriendo llover

mikus puchukás, puñoq sirikorani
cuando terminé de comer me acosté a dormir

llamkas puchukás, kaballupi pureq risaqku
después que terminemos de trabajar, iremos a andar en caballo

rantís chaypi  posesyonakun  don Emilió
después de comprar, ahí se posesionó don Emilio

ñanta reqsispá, sapallan riyman          si conociese el camino, iría solo

armakuspá onqonki                              si te bañas te enfermerás

llamkanaaspá, kaypi kutiyta atinki
si quieres trabajar, puedes quedarte aquí

qam puñuspaqa mosqonayki tiyan
cuando te duermas soñarás

qollqeta apispá, suk wasita rantiyman
si tuviera dinero compraría una casa

apispá, anchata kusikuspa qosuyman
si tuviera le daría con mucho gusto

puñuchka_ptiykeqa  kwidasqayki
mientras duermes te cuidaré

inti yaykuchka_ptin chayara
llegó cuando estaba entrando el sol

mana mikunman pay rimachka_spá
si él estuviera hablando no comería

richka_ptin kirkinchuta  tapusqa atoq maymantachus richkan
cuando el quirquincho está pasando,
el zorro le preguntó adónde estaba yendo

manaraq mikuspa puñora                se durmió antes de comer

mana mikuspa amora                       vino sin comer

qollqeta mana qaaspa_qa manam llamkankichu      [8] 
si no ves la plata, no trabajas

turay mana amuptenqa qaman risaq
si no viene mi hermano, iré contigo

mana chayayta ati ptiyké, turaykiwan willaay
si no puedes llegar, avísame con tu hermano

kunan punchaw mana amupteyqa,  ká  mespi ama suyaaychu
si hoy no vengo, no me esperes este mes

Soniaqa  wasinpi  mikuspa_chu   tiyan?
¿está Sonia comiendo en su casa?        [9] 

[8]  Obsérvese que las oraciones subordinadas no llevan el negativo _chu  y solamente anteponen el negador mana. En cambio, la oración principal, si es negativa, lleva ambos negadores (mana  y _chu ). (regresa a Texto Principal) 
[9]  Nótese que la oración subordinada sí admite el interrogativo  _chu. (regresa a Texto Principal)